Varaseimad teated Palupera mõisast (saksa keeles Palloper, ka Paliuper) pärinevad 1582. aastast. 1860-tel aastatel ehitati mõisa historitsistlik puidust peahoone. Hoone on keskelt ühekorruseline, otstes aga kahekorruseline. Selle keskpaigas asus neljakorruseline torn, mille ülaosa oli kaheksatahuline. Hoone on säilinud suures osas algkujul, vaid keskpaigas asunud neljakorruseline torn on lammutatud. 1919. aastal mõis võõrandati ning 1933. aastal kolis hoonesse kool, mis kasutab hoonet tänapäevalgi. Mõisakompleksi kuuluvad ka huvitava hulknurkse põhiplaaniga mõisaait, linnumaja ja viinavabriku hoone.

Mõisa peahoonest tükkmaad kaugemal asuv Palupera mõisa ait (ehitatud 19. sajandi lõpul) on majandushoone kohta väga omapärase arhitektuurse lahendusega. Tegemist on historitsistliku, kahekorruselise ja hulknurkse põhiplaaniga hoonega, mille alumine osa on maakividest ja ülemine osa punastest telliskividest. Teise korruse nurki ehivad ümarad poolsambad.

Palupera mõisa linnumaja on laastukatusega telliskivihoone. Hoone ehitati kas 19. sajandi lõpus või isegi 20. sajandi alguses. Algselt kasutati hoonet pumbamajana. Hiljem aga linnumajana, kus kasvatati faasaneid. 1920ndate aastate lõpus muudeti linnumaja meiereiks.

Palupera mõisa viinavabriku hoone on ehitatud 20. sajandi algul. See hoone oli piirkonna historitsistlikusse mõisaansamblisse kuuluv omaaegne tähtis tööstushoone. Väidetavalt olnud Palupera viinavabrik eelmise sajandi alguses Moe viinavabriku järel teisel kohal.

Lugu Palupera mõisnikust
Palupera mõisahärra olla ära surnud ning maetud Otepääle. Aga mõisahärra oli hakanud mõisaprouat pitsitamas käima. Kui inimesed õhtuti tegid heina Palupera ristist Miti pool, siis olid nad näinud mõisahärra valget keppi mööda teed välkumas. Mõisahärrat ennast polnud nähtud. Mõisaproua häda jõudis lõpuks toapoisi Antsuni, kes oli läinud targa käest nõu küsima, et mida teha. Tark käskinud teha raudne kinnas ning käskinud toapoisil mõisas surnut mängida. Ants ootas härrat mõisas ning härra tuligi jälle ühel õhtul. Ants ütles talle, et tema on ka surnud. Mõisahärra ei olnud uskunud ning ütles, et läheme talli hobuseid vaatama. Härra katsus hobust ning hobune hirnatas selle peale, kuna härra käsi oli külm. Antsul oli aga raudne kinnas käes ja kui ta katsus hobust, siis hobune samuti hirnatas. Härra jäi uskuma, et Ants on ka surnud. Härra tahtis siis minna mõisaprouat pitsitama, aga Ants ikka juhtis teda kogu aeg kõrvale – et läheme vaatame seda ja teist jne. Kuni lõpuks oli aeg nii kaugel, et mõisahärra pidi hakkama tagasi surnuaiale minema, sest hommik hakkas koitma. Hakkasid siis koos Otepää poole minema.


Jõudsid surnuaeda ning härra oli käskinud, et mine nüüd hauda. Tark aga oli Antsu õpetanud, et ei tohi esimesena hauda minna. Ants siis ütles mõisahärrale, et teil oli eluajal õigus alati esimesena minna, siis nüüd ka. Härra läkski esimesena ning Ants lükkas ruttu kivi hauale peale, et härra enam välja ei pääseks. Ants hakkas tagasi Palupera poole minema. Tark oli õpetanud, et mitte mingil juhul ei tohi tagasi vaadata, mis ka ei juhtuks. Antsu oligi küll sajatatud, kividega loobitud ja hobuvankritega tahetud alla ajada, aga Ants tagasi ei vaadanud ning nii saigi mõisaproua päästetud luupainaja käest.