Kui 1990. aastal päästeplaani looma asuti, vajus Pisa torn aina rohkem viltu kiirusega üks millimeeter aastas. Vajumist põhjustas pehme pinnas ja vesi. Päästetööd kestsid 2001. aastani, kui ehitis lõpuks turistidele jälle avati.

Professor Michele Jamiolkowski juhtimisel tõmmati renoveerimistööde ajal esimese korruse ümber 18 trossi, kellatorni alune maa külmutati, vundamendikivid võeti ükshaaval lahti ning tugevdati kaasaegse betooniga. Torn aga ankurdati trossidega sügaval maa sees asuvate ankrute külge. 1999. aastal eemaldati vundamendi alt pinnast, nii et kogu ehitis vajus natuke madalamale ja natuke otsemaks. 900-tonnine vasturaskust aitas ka ehitist natuke otsemaks ajada. 2001. aastal oli torni telje kalle maapinna suhtes 4,1 meetrit.

2001.-2013. aastal aga vajus Pisa kellatorn veel otsemaks 2,5 sentimeetri jagu, näitavad mõõtmised.

Turistid käivad endiselt viltust torni pildistamas ja seda ohtu, et sirgemaks vajuv torn veel niipea päris otseks saab, pole. Aga võimalik, et paljude aastate pärast hakatakse juba muretsema, kuidas takistada Pisa kellatorni täiesti otseks vajumist - siis kaoks kohaliku vaatamisväärsuse üks põhiline omadus, mida pildistama tullakse ning tegemist oleks lihtsalt ühe väga ilusa ja väga vana, 1173. aastast pärit kellatorniga.